El Río Malleco es el más importante caudal de agua del sector, nace en el Parque, vacía sus aguas en la laguna del mismo nombre y luego a través de una espectacular cascada de 49 m. de altura (Salto del Malleco), continúa su curso hacia el río Vergara, tributario del Río Biobío. Otros cuerpos de agua de importancia del Parque son: Laguna Verde, de gran atractivo por el color de sus aguas y el conjunto de lagunillas existentes cerca del Cerro Amarillo, a 1.300 m. s. n. m., rodeadas por bosques de lengas y araucarias, además se constituye en un excelente mirador natural del valle, lago y Río Malleco. En el Lago Malleco encontramos la mayor diversidad de aves acuáticas de los lagos cordilleranos de la Región
de la Araucanía.
